V.2. A Geos-Chem globális légköri terjedési modell

A GEOS-Chem modell egy folyamatosan fejlődő számítógépes program, amelyhez újabb és újabb frissítések érhetők el. A program mérete mindössze néhány száz megabájt, azonban a futtatáshoz szükséges adatbázis kb. 4 terrabájt méretű. A modellt FORTRAN-90 nyelven írták. Az eredeti, hivatalos verziót a GEOS-Chem Support Team felügyeli és kezeli. A letölthető frissítések minden esetben szigorú ellenőrzésen esnek át, mielőtt elérhetővé válnának a felhasználók számára. A programhoz online dokumentáció is rendelkezésre áll, amely lépésről lépésre végigvezeti a felhasználót a program működésén. A kód modulokból épül fel, párhuzamosítható a futtatás, illetve számos platformot támogat: Solaris (Sun), Linux, Ubuntu, Fedora és CentOS cluster platform. A modell forráskódja mindenki számára hozzáférhető és szerkeszthető. A programot a US NASA Earth Science Division (Földtudományi Osztály) és a Canadian National Science and Engineering Research Council (Kanadai Nemzeti Tudományos és Műszaki Kutatási Tanács) felügyeli. A modellt letöltöttük és futtatjuk az ELTE Meteorológiai Tanszék számítógépes környezetében az Egyetem Atlas szuperszámítógépén.

V.2.1. Általános leírás

A Geos-Chem egy globális modellbe beágyazott 3D rácshálózaton (nested-grid) futtatott globális skálájú kémiai transzport modell. A meteorológiai bemeneti adatokat (GEOS-5) a NASA Globális Modellező és Adatasszimilációs Részlege (GMAO - Global Modelling and Assimilation Office) biztosítja. A globális bemenő adatok 1979-től napjainkig állnak rendelkezésre. A modell futtatásához szükséges GEOS-5 meteorológiai adatok 6 órás időbeni felbontással, míg felszíni adatok és a keveredési rétegvastagság modellezett értékei 3 óránként adottak. A modell horizontális rácsfelbontása szélességi és hosszúsági körönként 0,25ox 0,3125o, míg függőlegesen 72 szintet használ. Az öt alsó rácspont tengerszintfeletti magassága rendre 70, 200, 330, 470 és 600 méter.

A modell tartalmaz egy részletes szimulációs algoritmust a troposzférikus O3-NOx-szénhidrogén és aeroszol kémia leírására (Mao et al., 2010). Ezen kívül alkalmas a növényzet által kibocsátott izoprén oxidációja során keletkező szerves N-tartalmú vegyületek modellezésére is, amely vegyületek az NOx jelentős fogyasztói (Horowitz et al., 1998). Ennek az a jelentősége, hogy az így keletkező nitrogéntartalmú izoprének száraz és nedves ülepedéssel egyaránt távoznak a légkörből (akárcsak a salétromsav) és így nem képződik belőlük újabb NOx.

Az aeroszol és a légkörkémiai reakciókat a Geos-Chem modell közösen kezeli. A teljes légköri NH3 és HNO3 tartalom megoszlásának számításához - a gáz és aeroszol fázis között - az RPMARES termodinamikai egyensúlyi almodellt használja (Binkowski és Roselle, 2003).

A Geos-Chem modell használata és alkalmazása 3 jelentős munkaszakaszra bontható:

  • a modell telepítése, futtatási környezetének megismerése,

  • a modell globális futtatása a nested-grid moellfuttatás számra,

  • nestid-grid szimuláció.

V.2.2. A Geos-Chem telepítése, futtatása

A Geos–Chem forrás kód letöltése:

A GEOS–Chem "standard" forrás kódot a Harrvard Egyetem online „Git” tárhelyéről lehet letölteni:

git://git.as.harvard.edu/bmy/GEOS-Chem/

vagy a

„git clone”

parancs segítségével:

git clone git://git.as.harvard.edu/bmy/GEOS-Chem  Code.v9-01-03

Ez a parancs azt eredményezi, hogy a tárlón lévő mappával megegyező felépítésű mappákat tölthetünk le a számítógépünkre.

A modellt FORTRAN-90 kódban írták, így FORTRAN fordítónak mindenképpen rendelkezésre kell állnia a számítógépen.

A modell telepítéséhez az alábbi mappákat kell letölteni:

  1. Geos-Chem forrás kód.

  2. A GEOS–Chem run könyvtár.

  3. GEOS–Chem shared data könyvtár, amelyben a Geos-Chem modell futtatásához szüksége adatok (meteorológia, emissziós értékek, faktorok) találhatók.

  4. Szükséges még a netCDF könyvtár installálása is, hiszen a EOS–Chem v9–01–03 netCDF formátumban olvassa be az adatokat.

A Geos-Chem modell a „run” mappába menti és fordítja a program futtatásához szükséges fájlokat. A fájlok letöltéséhez a „git” parancsot kell használni.

git clone git://git.as.harvard.edu/bmy/GEOS-Chem-rundirs/DIR-OPTION
						LOCAL-DIR-NAME

LOCAL-DIR-NAME a saját meghajtón lévő mappa, ahová telepíteni szeretnénk a GEOS–Chem modellt. A részletekért érdemes átnézni a User Manual 2.3 fejezetét, amely a http://www.geos-chem.org/ címen található.

A GEOS–Chem shared data mappák tartalmazzák a különböző meteorológiai, emissziós adatokat, amelyeket a program a szimuláció során beolvas. Az adatok letöltésére az alábbi FTP szerverről van lehetőség: Harvard archive (ftp.as.harvard.edu)

A shared data mappák igen nagyméretűek. 2–3 Terrabyte tárhely szükséges a letöltésükhöz. Az alábbi parancsot lehet használni a letöltéshez:

wget -r -nH "ftp://ftp.as.harvard.edu/gcgrid/geos-hem/data/DIRECTORY_NAME/"

Az adatokat letölthetjük anonymous FTP-n keresztül is:

					ftp ftp.as.harvard.edu
					cd gcgrid/geos-chem/data/GEOS_0.5x0.666_CH
					cd gcgrid/geos-chem/data/GEOS_0.5x0.666_NA
					cd gcgrid/geos-chem/data/GEOS_1x1
					cd gcgrid/geos-chem/data/GEOS_2x2.5
					cd gcgrid/geos-chem/data/GEOS_4x5
					cd gcgrid/geos-chem/GEOS_MEAN
					cd gcgrid/geos-chem/GEOS_NATIVE
					cd gcgrid/gcap/GCAP_4x5
					
					/as/data/geos/GEOS_0.5x0.666_CH
					/as/data/geos/GEOS_0.5x0.666_CH
					/as/data/geos/GEOS_1x1
					/as/data/geos/GEOS_2x2.5
					/as/data/geos/GEOS_4x5
					/as/data/geos/GEOS_MEAN
					/as/data/geos/GEOS_NATIVE
					/as/data/gcap/GCAP_4x5
					

  Amennyiben végeztünk a szükséges mappák és fájlok letöltésével, két fájlba kell belépnünk, hogy elvégezzük a futtatáshoz szükséges beállításokat. Ehhez javasoljuk a „vi” vagy az „mcedit” programokat használni, de természetesen más szerkesztő is tökéletesen megfelel.

Az első fájl, amelyben beállításokat kell alkalmazni, a „/Headers” mappában található „define.h” fájl. Itt lehet beállítani, hogy milyen meteorológiai adatbázist szeretnénk használni a futatás során, illetve milyen rácsfelbontással szeretnénk futtatni a modellt.

					!----- Model types -----
					!#define 	GCAP'GCAP'
					!#define 	GEOS_3 'GEOS_3'
					!#define 	GEOS_4 'GEOS_4'
					#define 	GEOS_5 'GEOS_5'
					!#define 	MERRA  'MERRA'
					!----- Grid sizes -----
					!#define NESTED_CH		'NESTED_CH'
					!#define NESTED_NA		'NESTED_NA'
					!#define NESTED_EU		'NESTED_EU'
					!#define GRID05x0666 	'GRID05x0666'
					!#define GRID1x1  		'GRID1x1'
					!#define GRID1x125		'GRID1x125'
					#define GRID2x25 		'GRID2x25'
					!#define GRID4x5  		'GRID4x5'
					#define GRIDREDUCED 	'GRIDREDUCED'
					

Töröljük ki a „!” jelet a sor elejéről abban a sorban, amelyik beállítással szeretnénk a modellt használni. A fenti példában 2 x 2,5 fokos felbontásban és a GEOS-5 meteorológiai bemeneti adatokkal végezhetjük el a szimulációt.

A másik fájl, amelyet be kell állítani a futtatás megkezdése előtt a „/run” mappában található „input.geos” fájl. Ebben a fájlban állíthatjuk be, hogy milyen időintervallumban szeretnénk futtatni, milyen emissziós bemeneti paraméterekkel számoljon a modell, és milyen adatokat írjon ki a program a szimuláció végeztével az output fájlba. Az „input.geos” fájl megnyitása után láthatjuk, hogy ebben a fájlban az előzőleg felsoroltakon kívül még számos, egyéb beállításra is lehetőség van. A részletekért érdemes átnézni a User Manual 5.2.1 fejezetét, amely a http://www.geos-chem.org/ címen található.

A következő lépés a program lefordítása, egy futtatható fájl létrehozása. Ehhez a „/code” mappába kell belépni, majd kiadni a következő parancsot:

make all

Ekkor a forráskódot lefordítja a számítógép és létrehoz egy futtatható fájlt, amelyet a „/bin” mappába ment el:

bin/geos

A futtatható fájl neve „geos”.

Ezután még néhány gyors beállítást érdemes elvégezni, mielőtt elindítanánk a programot:

					export KMP_STACKSIZE=2097152000
					ulimit -s 2097152
					export OMP_NUM_THREADS=16
					

Az első két sor a memória beállítását végzi el, amely azért szüksége, hogy megakadályozzuk a szimuláció közbeni esetleges összeomlását a programnak. A harmadik sorban a többmagos processzorok magjai között osztjuk szét a számítási munkát a legnagyobb hatékonyság elérése érdekében. Tehát a processzormagok közötti párhuzamosításra van lehetőség. Természetesen a 16-os szám helyett azt az aktuális számot kell beírni, ahány maggal a számítógép procesz-szora rendelkezik. A node-ok közötti párhuzamosítást egyenlőre a Geos-Chem program nem támogatja.

A program futtatásához a ./geos parancsot kell kiadni, azonban érdemes a háttérben elindítani a futtatást, mert sokáig, akár több napig, hétig is dolgozhat a számítógép. Ehhez egyrészt lehet a „nohup” parancsot használni, amely esetben a következő parancsot kell beírni:

nohup ./geos > log &

A másik lehetőség a screen parancs használata. Ennek használata is egyszerű. Megismeréséhez az alábbi oldalt érdemes áttekinteni:

http://hu.wikipedia.org/wiki/Screen

Természetesen, mint minden ilyen típusú modellnél, időnként valamilyen beállítás nem felel meg a programnak, ami miatt az idő előtt leáll. Ezeket a hibákat ki kell javítani, s a beállításokat meg kell változtatni az újraindítás előtt.

(Forrás: http://www.geos-chem.org/, http://fizz.phys.dal.ca/~atmos/wiki/index.php/First_time_GEOS-Chem_users)

V.2.3. A modellezett eredmények feldolgozása, kiértékelése

A modellezett eredmények kiértékeléséhez az IDL programot kell használni. A kimeneti adatfájlt csakis az IDL programba beolvasott „Global Atmospheric Modeling (output) Analysis Packag”, röviden GAMAP scriptgyűjtemény képes beolvasni és feldolgozni. Ennek a scriptgyűjteménynek a segítségével igen könnyen és gyorsan lehet kiértékelni az eredményeket, illetve vizualizációt (a koncentráció 3-D térben és időben), képek és animációk) is lehetővé készítését is lehetővé teszi változatos, jól parametrizálható és könnyen programozható formában. Amennyiben a felhasználó más programot részesít előnyben (R, Matlab, GrADS, GNUPlot, Panoply), lehetőség van az IDL-GAMAP segítségével NetCDF fájlok létrehozására, amelyeket az előbb felsorolt programok is képesek kezelni. Néhány tesztfutás eredményét, képi megjelenítését a V.1.–V.3. ábrák szemléltetik a 2005. július 1-re vonatkozó tesztfuttatások alapján.

V.1. ábra. Az O3 koncentráció Európa felett (2005. 07. 01).

V.2. ábra. Az Ox nyomgázok (O+ NO+ 2NO3) koncentrációja (2005. 07. 01).

V.3. ábra. A talaj eredetű NOx nyomgázok (NO + NO+ NO+ HNO2) koncentrációja. (Forrás: http://www.geos-chem.org/)

V.2.4. A közel valós idejű (NRT - Near Real Time) Geos-Chem modell

Bár a Geos-Chem modell segítségével – a NASA nyílt hozzáférésű adatbázisa alapján – igen részletesen írhatjuk le a múltban lejátszódó légköri terjedési folyamatokat, egyre inkább nő az igény a jelenben végbemenő (jelenidejű) folyamatok modellezésére is. A Geos-Chem modell szerkezeti felépítése, bemenő adatai és működési elve révén nem alkalmas a teljes valós idejű szimulációra, de mód van egy úgynevezett közel valós idejű (Near Real Time) működésre. Ebben az esetben az egyszerűsített Geos-Chem modellt használjuk, amely a lentebb látható gázkoncentrációk időbeli és térbeli változását szimulálja. Ehhez egy újraskálázott rácsot használunk, amely az eredeti 1/2° szélességi és 2/3° hosszúsági, valamint 72 vertikális szintet skálázza át 2° szélességi, 2,5° hosszúsági felbontásra, illetve 47 függőleges szintre. Ezen a rácson adják meg a következő mennyiségeket.

  • 3-D idősor adatok: CO, O3, NOx, PAN, HNO3, ACETON, aeroszol-részecskék (SO4-NO3-NH4; black karbon, szerves szén, por, tengeri só).

  • 2-D idősor adatok: Teljes légoszlopra vett troposzférikus O3, NO2, HCHO tartalom; teljes légoszlopra vett CO tartalom.

  • Repülési útvonalakon mért Geos–Chem adatok: valamennyi Geos–Chem kémiai nyomjelző, JNO2 (NO2), JO1D (O3) aeroszol optikai mélység, illetve a következő gázok: NO, OH, HO2, továbbá a meteorológiai adatok, mint az abszolút nedvesség, hőmérséklet és a  szélsebesség.

A Near Real Time elnevezés igen találó, mivel a program a jelenhez képest 2-3 nappal korábbi állapotig képes szimulációt végezni. A modellfejlesztők készítettek egy honlapot, amelyen megtekinthetők a Geos-Chem NRT futtatások eredményei. Ezt NRT browser-nek hívják, ahol is lehetőség van képeket, vagy akár animációkat is létrehozni az adatokból.

V.4. ábra. Geos-Chem Near Real Time böngésző.

Kiválaszthatjuk, hogy milyen időintervallumra, milyen hosszúsági és szélességi koordinátára és magasságra, illetve melyik nyomgázra, vagy aeroszolra szeretnénk ábrát, illetve animációt készíteni. Megtekinthetjük a CO, NOx, O3, HNO3, PAN, aceton-, szulfát-, por, tengeri só keverési arányát, a teljes légoszlopra vett CO, NO2, HCHO, O3, illetve az OH, NO2 és NO koncentrációkat. (Forrás: http://wiki.seas.harvard.edu/geos-chem/index.php/GEOS-Chem_Near-Real-Time_Simulations, http://coco.atmos.washington.edu/cgi-bin/ion-p?page=nrt.ion). Egy ilyen számításra mutat példát az V.5. ábra .

Összefoglalva: a Geos-Chem egy jól használható, folyamatosan fejlődő globális terjedési modell, amely alkalmas mind kutatási, mind oktatási célokra. A következőkben bemutatott CMAQ Real Time terjedési modellel kombinálva rendkívül pontos terjedési számításokat tehet lehetővé mind a kutatók, mind a levegő minőség előrejelzésével foglalkozó szakemberek számára. E fejlesztőmunkához kívánunk alapinformációt nyújtani, felkeltve az érdeklődést a környezeti modellezés iránt.

V.5. ábra. A Geos-Chem NRT szimulációja. 2008. 12. 07. és 2009. 01. 20 közötti NOx terjedés 500 hPa szinten. (A kezdő és a befejező időpont képe.) Készítsük el az animációt!