4.11. Protista incertae sedis

Az incertae sedis a taxonómiában bizonytalan taxonómiai helyzetűt jelent. Az utóbbi évtizedben minimálisra csökkent azoknak a protisztáknak a száma, amelyek rokonsági viszonyairól semmi közelebbit nem tudunk. Néhány kisebb egysejtű csoport helyzete még mindig bizonytalan, nem tudni, hogy helyezhetők el a 7 szupercsoport között vagy azokon belül. A metagenomikai vizsgálatok során napjainkban is jelennek meg teljesen új, ismeretlen eukarióta kládok.