17.2. Az élesztő két-hibrid rendszer gyengeségei

Az élesztő két-hibrid rendszer vitathatatlan előnye, hogy élő sejteken belül, in vivo lehet a segítségével fehérjék kölcsönhatásait kimutatni. Sajnos azonban a rendszernek számos olyan korlátja is van, amelyek ismeretében az élesztő két-hibrid vizsgálatok során szerzett információkat, az azonosított kölcsönható partnereket fenntartásokkal kell kezelni, illetve további tesztekben igazolni kell azok valódiságát.

Az élesztő két-hibrid vizsgálatok nagy arányban eredményeznek hamis pozitív találatokat, azaz az azonosított kötőpartner az élő rendszerben nem partnere a csali fehérjének. Elmondható az is, hogy az élesztő két-hibrid kísérletek nem mutatnak ki számos olyan kölcsönhatást, amelyek egyébként megvalósulnak és relevánsak, azaz a hamis negatív eredmények aránya is jelentős. Hamis pozitív találatokat eredményez a fúziós fehérjék intenzív expressziója. Ennek köszönhetően azok nagy koncentrációban vannak jelen, ezért gyenge, a fehérjék normális koncentrációja mellett ki sem alakuló kölcsönhatások is létrejöhetnek. Amikor az élesztő sejtben egyszerre expresszálódnak, akkor olyan fehérjék között is kialakulhat kölcsönhatás, amelyek a valóságban soha nem fordulnak elő egy időben ugyanannak a sejtnek ugyanabban a kompertimentumában. Hamis negatív találatokat, azaz releváns interakciók kimutatásának elmaradását okozhatja, ha a fehérjék interakciós felszíne a fúziós fehérjében nem hozzáférhető, mert azt a fúziós partner eltakarja. Más élőlényből származó fehérjék helyes feltekeredése vagy a működéshez szükséges poszttranszlációs módosítása nem biztos, hogy megfelelően végbemegy az élesztő sejtben, ami szintén azt eredményezi, hogy nem alakul ki a kölcsönhatás a fehérjék között. Az élesztő két-hibrid rendszerben a kölcsönhatás helye a sejtmag. Elképzelhető, hogy két, más kompartimentumban kölcsönható fehérje a sejtmagban uralkodó körülmények között nem ismeri fel egymást.

A fentiek miatt az élesztő két-hibrid kísérletek során azonosított interakciós partnereket minden esetben igazolni kell más, megbízhatóbb módszerrel is. A módszer korlátait ellensúlyozza az egyszerűsége és gyorsasága. A mai napig széles körben használják a vizsgált fehérjék potenciális partnereinek gyors azonosítására.