12.3. Polimeráz enzim tulajdonságai

Nagyon fontos az enzim koncentrációja a reakcióelegyben, valamint annak tulajdonsága is a sikeres, megbízható PCR-hez. Az enzim koncentrációja szintén hatással van a specifikusságra, ezért meg kell határozni az ideális értékét az egyes reakciókhoz, különösen nagy mintaszámon végzett szkrínelés (szekvencia szűrés) esetén. A leggyakrabban alkalmazott koncentráció 0,1 és 1,0 Unit/10 µl érték között van. A polimeráz tulajdonságai (hőstabilitás, ideális reakcióhőmérséklet, pontosság, processzivitás, lánchosszabbítás sebessége) közül az egyik legfontosabb a másolási hűség (angolul proofreading). A különböző eredetű enzimek kisebb vagy nagyobb pontossággal másolják a DNS templát szekvenciáját, attól függően, hogy rendelkeznek-e 3’ – 5’ irányú exonukleáz aktivitással. Ezen tulajdonság megléte javítja a másolási hűséget, mivel a tévesen beépített nukleotidokat el tudja távolítani az exonukleáz funkcióval is rendelkező polimeráz az újonnan szintetizálódott DNS 3’ végéről. A szintetizáló és bontó képesség együttes megléte azt eredményezi, hogy az enzim lánchosszabbítási sebessége csökken, azaz összességében lassabban halad a DNS szál mentén.

Általában fontosnak tartjuk a PCR reakció pontosságát, de pl. analitikai célú PCR munkákban nem szükséges ez a tulajdonság, mivel a keletkezett termék szekvenciája nem érdekes a vizsgálat, az ellenőrzés, a kísérlet értékelésekor. Különösen előnytelen, sőt káros a 3’ – 5’ exonukleáz aktivitás SNP kimutatására irányuló munkák esetén, mivel az enzim lehasítja a hibás nukleotidot a primer 3’ végéről, és ebben az esetben a primer nem tud különbséget tenni a ’vad’ és ’mutáns’ típusú allél között.